Nowy kościół pod wezwaniem św.Anny zbudowano kilkadziesiąt metrów od miejsca, które zajmował drewniany.
Budowę rozpoczęto w 1900 r. , a zakończono w 1903 r. Rozpoczął ją ówczesny proboszcz ks. Karol Rindel, zorganizował wykonanie projektu, zajmował się gromadzeniem funduszy, które spływały na ten cel z kurii kapituły spiskiej. Ks. Rindel nie doczekał jednak dzieła ukończenia budowli, zmarł w Chyżnem. Jego współpracowniakmi byli: ks. Adalbertus Szillay i ks.Jan Dideczko. Uroczystość poświęcenia odbyła się w dniu patronalnym św. Anny 26 lipca 1903 r. Dokładnie nie wiadomo, kiedy odprawiono konsekrację świątyni. Mogło mieć to miejsce przy sposobności bierzmowania w 1912 r. lub w 1923 r. jak słusznie sugeruje O. Michał Wojnarowski.
Budowla swoją architekturą reprezentuje styl eklektyczny z przewagą neoromańskich elementów. Jedynie bardzo ostry, stożkowy hełm wieży, sugestywnie nadaje cechy gotykizujące. Wieża wyznacza oś fasady i jest głównym akcentem bryły. Jest to kościół jednonawowy z prezbiterium i transeptem. Po lewej stronie prezbiterium znajduje się przybudowana zakrystia. Poszczególne przęsła korpusu po stronie zewnętrznej rozgraniczone są szkarpami. Dodatkowo szczytowe partie ścian bocznych zdobią kamienne kwiatony. W elewacjach bocznych znajdują się dwudzielne okna, u góry zamknięte półokrągłym łukiem. Do wnętrza prowadzi portal, przyjmujący kształt rozłożystej arkady, posadowionej na wtopionych neoromańskich kolumienkach.
W ciągu swej dwudziestowiecznej historii kościół ulegał niewielkim zmianom. Wiadomo, iż podczas I wojny zabrano z wieży dzwon na mocy rozkazu władz państwowych. Dzwon został na górze rozbity i w kawałkach zniesiony w dół. Po odzyskaniu niepodległości i przyłączeniu Orawy do Rzeczypospolitej, postanowiono odlać nowy dzwon, co miało miejsce w 1922 r. Fundusze na ten cel zbierała Gmina w Chyżnem. Odnowienie kościoła wzmiankowane jest w 1942 r., zarówno wewnątrz jak i ze strony elewacji zewnętrznej. Ofiary na ten cel były zbierane przez ks.Aurelego Michaliaka. Działania wojenne od stycznia do marca 1945 r. zaprzepaściły skutek odnowy. Na wieży kościelnej wojsko hitlerowskie urządziło punkt obserwacyjny, zaś wojska sowieckie stacjonujące w Jabłonce, chcąc go zniszczyć strzelały w kierunku kościoła. Wieża doznała licznych uszkodzeń, chociaż całkowicie nie runęła. Natomiast zniszczone zostały: ściana północna stanowiąca część prezbiterium, ołtarz główny, dach, sklepienie, polichromia, żyrandol, stacje drogi krzyżowej, ławki, drzwi wejściowe oraz neogotycki chór wraz z organami. Zruinowane było także ogrodzenie wokół kościoła i jedną z narożnych kaplic. Ocalała jednak jedna figura św. Anny, pomimo zniszczenia całości wielkiego ołtarza.
